PHPからPDFを生成する際のライブラリの中で、最強と名高いwkhtmltopdfを使ってみました。
今まではTCPDFを使用していたものの、制限が多すぎて色々と苦労していたのも一気に解決です。
PHPでPDFを生成するライブラリはTCPDFの他にも幾つかありますが、いずれも自前でCSS等をレンダリングしており、昨今の非常に複雑なCSSを網羅できるものではありません。しかし、wkhtmltopdfはwebkitのエンジンを使うGoogle謹製のツールとのことで、若干ずるいですがこれに勝るものは無いと同時に、（通常のHTMLにできて）これでできない事は無いと思われます。
インストールや使い方は、ググればいくらでも出てきますので、そちらを参考にしてください。
私の直面したのは、手順通りに日本語フォントをインストールしたのに、WEBサーバー経由でPDF生成した場合だけフォントが表示されない、という問題です。